Hélier Cisterne fait des études de philosophie. En 2003 il réalise son premier court métrage, Dehors, au GREC. En 2006, le jeune réalisateur présente Les deux vies du serpent à la Semaine de la Critique. Les deux films sont primés dans plusieurs festivals. 

En 2013, Hélier Cisterne réalise son premier long métrage, Vandal, avec Jean-Marc Barr et Marina Foïs ainsi que Zinedine Benchenine.